科学技術振興機構（ＪＳＴ）、医薬基盤研究所（ＮＩＢＩＯ）、農業生物資源研究所（ＮＩＡＳ）、産業技術総合研究所（ＡＩＳＴ）は、内閣府総合科学技術会議の議論を受けて平成２３年１２月１２日（月）に文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省が取り組む生命科学系データベースの統合化の方針や成果を紹介する合同ポータルサイト「ｉｎｔｅｇｂｉｏ．ｊｐ」（インテグバイオ）を共同で開設しました。
生命科学におけるデータベースは、例えばｉＰＳ細胞作製の成功には遺伝子データベースの情報が不可欠であったように、研究のインフラとして世界中で活発に開発、利用されています。その結果、現在では多数のデータベースが乱立しており、それを使いやすくするための統合化が重要な課題となっています。日本でも、生命科学に関係した各省で統合化に向けた取り組みが平成１８年頃から始まりました。当初は各省で独自に進めていたデータベースの統合化をオールジャパンの体制で進めるために、内閣府の主導のもと各省の協力体制を構築して、平成２３年度からは４つのステップ（カタログ、横断検索、アーカイブ、再構築）に沿って進めています。
最初のステップ「カタログ」は、データベース単位のリンク集です。しかしリンクだけでは、ユーザーはデータベースごとに検索しなければなりません。「横断検索」は、複数のデータベースの中身を一括してキーワード検索するものです。これにより、ユーザーは１つの窓口から入ってデータベースを検索できるようになります。「アーカイブ」は、データベースのフォーマットの統一と権利関係の整理などにより、データベースのダウンロードと再利用を可能にするものです。「再構築」は、複数のデータベースが有機的に組み合わされることによって、「横断検索」よりもさらに高度な検索、例えば「ヒトのあるタンパク質に結合する低分子を花粉に含む植物」のような検索をユーザーが行えるものです。この「再構築」では、情報技術や計算機資源、データを整理する手間などの問題に加えて、データベースを改変する権限の有無も問題となるため、これらを１つずつ解決していく必要があります。
合同ポータルサイトでは、４省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」の方針と成果についてまとめています。また、データベースの統合化に関するシンポジウムや講習会、展示会の情報を発信して、この取り組みに対する研究コミュニティーの関心や理解が深まるよう努めていきます。これにより、今まで４省で独自に進められてきたデータベースへの取り組みが１つにまとまり促進されると期待されます。
ポータルサイトＵＲＬ：http://integbio.jp/
１．背景
現代の情報社会でデータベースは、住所録から銀行の取引まであらゆる分野で作られ、積極的に活用されています。生命科学においても、データベースは研究に不可欠なインフラとして世界中で活発に開発、利用されています。その結果、現在では多数のデータベースが乱立しており、それを使いやすくするための統合化が重要な課題となっています。日本では、第３期科学技術基本計画（平成１８年３月２８日閣議決定）に基づいて総合科学技術会議が策定した、ライフサイエンス分野の推進戦略における戦略重点技術の１つとして「世界最高水準のライフサイエンス基盤整備」が掲げられました。また、科学技術連携施策群「生命科学の基礎・基盤」補完的課題「生命科学データベース統合に関する調査研究」注１）の報告を受けて、生命科学に関係した文部科学省、農林水産省、経済産業省では、統合化に向けた取り組み注２）が、平成１８年頃から平成２２年度まで実施されました。これらの取り組みは、当初は各省で独自に進めていました。しかし、データベースの統合化をオールジャパンの体制で進めるために、内閣府総合科学技術会議のもとに統合データベースタスクフォース（座長：五條堀 孝 国立遺伝学研究所 副所長）が設置され、平成２１年５月に報告書がまとめられました。そこで示された方針をもとに、省の協力体制を構築して、平成２３年度より４つのステップ（カタログ、横断検索、アーカイブ、再構築）を統合データベースタスクフォース報告書に示されたロードマップに沿って進めています（図１）。
２．内容
今回、ＪＳＴバイオサイエンスデータベースセンター、ＮＩＢＩＯバイオインフォマティクスプロジェクト、ＮＩＡＳ農業生物先端ゲノム研究センター、およびＡＩＳＴバイオメディシナル情報研究センターは、４省の生命科学系データベース合同ポータルサイトを開設しました。合同ポータルサイトでは、４省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」の方針と成果についてまとめています（図２）。
その他にもデータベースの統合化に関するシンポジウムや講習会、展示会などを、イベントカレンダーを用いて紹介しています。このような公開イベントの情報を発信して、データベースの統合化に対する研究コミュニティーの関心や理解が深まるよう努めていきます。
３．今後の展開
今後もＪＳＴバイオサイエンスデータベースセンター、ＮＩＢＩＯバイオインフォマティクスプロジェクト、ＮＩＡＳ農業生物先端ゲノム研究センター、ＡＩＳＴバイオメディシナル情報研究センターは、内閣府総合科学技術会議の示す方針に従い、合同ポータルサイトの内容を充実させ、４省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」をさらに進めます。このような連携により、将来的には「再構築」が達成され、日本のデータベースが統合化されいっそう使いやすくなることが期待されます。本ポータルサイトは、平成２３年度に開始した、ＪＳＴ「ライフサイエンスデータベース統合推進事業」、農林水産省「画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備」、経済産業省「ライフサイエンスデータベースプロジェクト」の支援を受けています。
なお、平成２３年５月に総合科学技術会議統合データベース推進タスクフォース（座長：郷 通子 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部 特別客員教授）が開催され、その場において、今後も総合科学技術会議において平成２６年度以降のデータベース統合の推進のあり方について検討することが確認されています。
 |
| 図1：データベース統合化の４つのステップ |
 |
| 図２：４省の生命科学系データベース合同ポータルサイトのトップページ |