独立行政法人産業技術総合研究所【理事長吉川弘之】では、平成１４年度補正予算によって、つくばセンター・つくば中央第４事業所【つくば市東1-1-1】内４階（１４００ｍ2：ほぼ全面）に「臨床バイオインフォマティクス研究施設（クリーンルーム、質量分析機器を始めプロテオミクス解析システム、トランスクリプトーム解析システム及び解析用クラスタシステム）」の整備を進めてまいりましたが、平成１６年２月２７日をもって竣工致しました。
本施設を使用して実施する主たる研究は、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）の「バイオ・IT融合機器開発プロジェクト（経済産業省平成１５年度重点施策：経済活性化のための研究開発プロジェクト〈フォーカス２１〉）」のもとで採択された「ゲノム・プロテオームをベースとしたプロファイル診断システムの研究開発（平成１５～１７年度）」です。
本研究開発は、臨床情報とともに収集された少量の血液や脳脊髄液のハイスループット解析により、がん、虚血性心疾患、妊娠中毒症、肝細胞機能障害および脳機能障害等の病態と連動して変動するタンパク質・遺伝子バイオマーカーを発見し、関連した臨床と基礎研究を密接な連携の基に展開することで、疾病の迅速で、信頼できる早期診断支援システムの開発を行うものです。我が国における最初の本格的な産学官共同プロテオミックス研究であり、臨床と恒常性基礎研究が密接に連携した本格的臨床バイオインフォマティクス研究は世界でもこれが始めてです。
実施体制としては、臨床バイオインフォマティクス研究施設の完成によって、独立行政法人産業技術総合研究所・年齢軸生命工学研究センター、筑波大学、株式会社ＭＣＢインフォマティクス、株式会社島津製作所、三井情報開発株式会社の参加により、「臨床バイオインフォマティクス研究イニシアティブ（ Clinical Bioinformatics Research Initiative,CBIRI ）」を構成し、本格的な集中型共同研究として展開してまいります。
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臨床バイオインフォマティクス研究施設内プロテオーム解析室1
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