より効果的・効率的な研究開発体制の実現に向け、平成24年4月1日より、研究推進組織を以下の通り変更した。
既存の43研究ユニットのうち3研究ユニットを廃止し、2研究ユニットを再編強化して、42研究ユニットとする。（内訳：研究部門21、研究センター20、研究ラボ1）
1．環境・エネルギー分野
バイオマス研究センターを見直し、
（1）木質系バイオマス資源を化成品、複合材料、燃料へ効率よく変換するための基盤技術の確立
（2）成分分解（上流工程）から製品製造（下流工程）までを一体的に研究開発
などに重点を移し、研究成果の移転・標準化・実用化に貢献すべく、再編強化を行う。
【再編強化】 バイオマスリファイナリー研究センター（中国センターに設置）（別紙1：PDF472KB）
2．情報通信・エレクトロニクス分野
情報セキュリティ研究センターを見直すとともに、情報技術研究部門の一部を統合して、
（1）ITシステムや情報資産に向けた悪意の攻撃や設計の不具合に対する安全策の研究
（2）電力､鉄道などの産業インフラを構成する制御システムのセキュリティ対策
（3）ICチップの安全性や高機能の暗号系などに関する先進的セキュリティの研究
などを中心に、社会に安全の価値を付加する研究を戦略的に推進すべく、再編強化を行う。
【再編強化】 セキュアシステム研究部門（つくばセンターに設置）（別紙2：PDF562KB）
（参考） 廃止する研究ユニット
・バイオマス研究センター（バイオマスリファイナリー研究センターに再編強化）
・情報セキュリティ研究センター（セキュアシステム研究部門に再編強化）
・社会知能技術研究ラボ
以上